M.Ö. 6. yüzyılın ilk yarısında Lydia egemenliğinde olan şehir daha sonra Perslerin egemenliği altına girmiştir. Persler kendilerine yakın yerli bir aile olan Halikarnassos’lu Lygdamis ailesini kenti yönetmesi için görevlendirmişlerdir. M.Ö. 387’de Karia satraplığının Mylasa’da oturan Hekatomnos’a geçtiği bilinmektedir. Hekatomnos’un oğlu Maussolos M.Ö. 377’de Karia satrapı olmuş ve merkezi Mylasa’dan Halikarnassos’a taşımıştır.

Maussolos öldükten sonra II. Artemisia yönetime gelmiştir. Büyük İskender şehri kuşattığında yönetimde Orontobates vardı. İskender, Alinda Kraliçesi Ada’yı bütün Karia bölgesinin hâkimi yapmıştır. İskender’den sonra II. Ptolemaios’un hâkimiyeti altına giren Halikarnassos Roma döneminde Rodos yönetimine verilmişse de bağımsız kabul edilmiştir. M.Ö. 1. yüzyılda korsanların akınları yüzünden fakirleşen kentin yeniden canlanması Augustus zamanıdır. M.S. 4. yüzyılda Roma eyaletleri düzenlenirken Karia ayrı bir eyalet, Halikarnassos metropolisi Aphrodisias olan bu eyalete bağlı bir şehir olmuştur.

Şehir 11. yüzyılda Türklerin eline geçmiş, Menteşe Beyliği toprakları içinde kalmıştır. 1402 yılında Rodos Şövalyeleri tarafından ele geçirilen şehrin, eski Dor akropolünün olduğu yerde kale inşa edilmiştir. Kanuni Sultan Süleyman’ın Rodos’u almasına kadar şövalyelerin elinde kalmıştır.

Halikarnassos’ta 1857 yılında Newton tarafından bulunarak frizleri Londra’daki British Museum’a taşınan Maussoleion, dünyanın yedi harikasından biri olarak tanımlanmaktadır. Maussoleion, Maussolos için karısı II. Artemisia tarafından yaptırılan bir mezar anıtıdır. Bugün sadece temel izleri ile frizlerinden bir parça kalmıştır.

Halikarnassos’taki görülebilen diğer kalıntılar ise; yer yer poligonal ve rektagonal tekniğin kullanıldığı surlar ile Roma Çağı tiyatrosudur.